Vòng ngực (VN, cm): Sử dụng thước dây, đo chu vi quanh vòng ngực tiếp giáp phía sau của xương bả vai.
Cao vây (cm): Dùng thước gậy đo từ mặt đất đến đỉnh cao nhất của xương bả vai (sau u vai), đặt thước thẳng vuông góc với mặt đất. Chỉ tiêu này dùng để đánh giá sự phát triển của 2 chân trước và phần thân trước.
Dài thân chéo (cm): Dùng thước gậy đo từ phía trước của đầu khớp bả vai cánh tay đến phía sau u ngồi.
Vòng ống: Dùng thước dây đo chu vi 1/3 phía trên của xương bàn chân trái phía trước.
Các chỉ tiêu theo dõi gồm: sinh trưởng tích lũy; sinh trưởng tuyệt đối (xác định theo TCVN 9715 - 2013); cao vây, dài thân chéo, vòng ngực và vòng ống.
(2) Phương pháp khảo sát năng suất thịt của dê Định Hóa
Tiến hành theo phương pháp mổ khảo sát dê (Theo TCVN 9715 : 2013; QCVN 01 - 72 : 2011/BNNPTNT).
Dê được mổ khảo sát ở giai đoạn 9 và 12 tháng tuổi. Số lượng mổ ở mỗi độ tuổi 8 con gồm 4 đực và 4 cái.
Cho dê nhịn đói sau 24 giờ, cân khối lượng hơi, cắt tiết, lột da và phân loại các sản phẩm sau mổ giết theo các chỉ tiêu nghiên cứu như khối lượng móc hàm, khối lượng thịt xẻ, khối lượng thịt tinh và khối lượng xương.
Phương pháp cân các thành phần thân thịt: Sử dụng các loại cân đồng hồ của Nhơn Hòa, loại 2 kg (độ chính xác ± 10 - 30 g), 5 kg (độ chính xác ± 10 - 30
g) và 30 kg (độ chính xác ± 50 - 150 g).
Các chỉ tiêu tính toán: Các tỷ lệ móc hàm, thịt xẻ, thịt tinh, xương được tính theo khối lượng sống (%).
Tiến hành phân tích thành phần hóa học trong thịt dê với các chỉ tiêu: vật chất khô theo TCVN 8135 : 2009; protein thô (%) theo TCVN 8134 : 2009; lipit thô (%) theo TCVN 8136 : 2009 và khoáng tổng số (%) theo TCVN 7142 : 2002.
Số liệu được xử lý thống kê bằng phần mềm Minitab 17.0. So sánh sự sai khác giữa các số trung bình về sinh trưởng, năng suất thịt của dê đực và dê cái bằng phương pháp Turkey Pairwise Comparitions.
2.3.2. Nội dung 2: Nghiên cứu đa hình gen POU1F1 và mối tương quan với tính trạng sinh trưởng của dê Định Hóa
(1) Phương pháp lấy mẫu:
Sau khi tiến hành các thao tác chăm sóc dê con mới sinh, tiến hành lấy mẫu mô tai. Số lượng mẫu là 336 được thu trong khoảng thời gian từ 01/2017 đến 02/2020 tại các hộ chăn nuôi dê.
Các mẫu được thu bằng kìm cắt tai với lượng mẫu vừa đủ được bảo quản trong ethanol 70%, nhiệt độ 4 oC, sau đó được bảo quản ở nhiệt độ -20 oC tại phòng thí nghiệm Sinh học phân tử của Viện Khoa học Sự sống. Các thông tin về độ tuổi, giới tính, khối lượng cơ thể được thu thập tại các thời điểm sơ sinh, 3, 6, 9 và 12 tháng tuổi của từng cá thể.
(2) Phương pháp tách chiết ADN:
ADN tổng số của dê được tách chiết theo bộ kit tách chiết ADN gen GenomePlex theo quy trình như sau:
+ Phương pháp tách triết ADN tổng số bao gồm các bước như sau:
Bước 1: Lấy mẫu ra và thấm khô cồn bằng giấy thấm. Sử dụng dao loại bỏ sạch lông và phần bẩn màu đen trên mẫu, sau đó làm nhỏ bằng dao.
Bước 2: Cho phần mẫu đã nghiền nhỏ vào ống effendoft 1,5 ml, thêm 500 µl buffer lysis. Sau đó vortex 15 giây và ủ 56 oC trong vòng 1 giờ (15 phút đảo trộn 1 lần).
Bước 3: Thêm 2 µl Proteinase K vào ống eppendorf chứa mẫu. Ủ qua đêm ở 56 oC cho đến khi mẫu tan hết.
Bước 4: Thêm 2 µl RNase vào ống eppendorf. Ủ tiếp ở 37 oC trong 1 giờ.
Bước 5: Bổ sung 500 µl CIAA, mix nhẹ bằng tay cho đến khi thấy dung dịch có màu trắng sữa đồng nhất. Sau đó ủ tiếp ở -20 oC trong 1 giờ.
Bước 6: Ly tâm 12000 rpm trong 15 phút. Dùng pipette hút và chuyển dung dịch đã pha trên sang ống eppendorf 1,5 ml mới (khoảng 400 µl).
Bước 7: Thêm dung dịch isopropanol với tỷ lệ 2:1. Sau đó đảo trộn đều và ủ ở -20 oC trong 2 giờ.
Bước 8: Ly tâm 13000 rpm trong 15 phút. Loại bỏ dịch nổi và thu cặn ADN.
Bước 9: Bổ sung 500 µl cồn 70% vào ống eppendorf. Ly tâm 8000 rpm trong 5 phút.
Bước 10: Đổ hết cồn, spindown rồi dùng pipette hút hết cồn dư. Sau đó để khô tự nhiên. Thu cặn ADN trong suốt.
Bước 11: Thêm 50 µl dung dịch đệm Elution Buffer. Bảo quản trong tủ - 20 oC sử dụng cho các công đoạn tiếp theo.
(3) Phương pháp khuếch đại đoạn gen POU1F1:
Cặp mồi được thiết kế dựa trên trình tự gen POU1F1 (AJ549207) của cừu và gen POU1F1 của bò (Zhao và cs., 2004) để khuếch đại đoạn exon 6 (Lan và cs., 2007) thể hiện bảng 2.1.
Bảng 2.1. Trình tự các cặp mồi sử dụng trong phản ứng PCR
Trình tự | Kích thước dự kiến | |
POU1F1-F POU1F1-R | 5’ - CCA TCA TCT CCC TTC TT - 3’ 5’ - AAT GTA CAA TGT GCC TTC GAG - 3’ | 450 bp |
Có thể bạn quan tâm!
-
Ảnh Hưởng Của Thức Ăn Dinh Dưỡng Đến Sinh Trưởng Và Sức Sản Xuất Thịt Của Dê -
Ảnh Hưởng Của Việc Bổ Sung Phế Phụ Phẩm Của Chế Biến Thực Phẩm Đến Sinh Trưởng Của Dê -
Nội Dung 1: Nghiên Cứu Sinh Trưởng Và Sức Sản Xuất Thịt Của Dê Định Hóa -
Sinh Trưởng Tích Lũy Của Dê Định Hóa -
Kết Quả Khảo Sát Năng Suất Thịt Của Dê Định Hóa -
Nội Dung 2: Nghiên Cứu Đa Hình Gen Pou1F1 Và Mối Tương Quan Với Tính Trạng Sinh Trưởng Của Dê Định Hóa
Xem toàn bộ 306 trang tài liệu này.
20 µl phản ứng PCR có chứa 0,4 µl dNTP, 10 pM mồi xuôi, mồi ngược; 1U Taq polymerase; 100 ng ADN mẫu và thực hiện trên máy PCR với chu trình nhiệt 94 oC/45 giây, 50 oC/45 giây, 72 oC/1 phút với 32 chu kỳ và kéo dài sản phẩm ở 72 oC trong 5 phút. Sản phẩm PCR của đoạn gen
POU1F1 được ủ với enzyme giới hạn DdeI ở 37 oC trong 5 giờ và được kiểm tra trên điện di agarose 1%.
Sản phẩm PCR sau khi được khuếch đại sẽ được gửi đi giải trình tự ở công ty 1st BASE tại Singapore.
Hình 2.1. Chu kì nhiệt độ của phản ứng PCR khuyếch đại đoạn gen POU1F1
(4) Phương pháp phân tích đa hình đoạn gen bằng enzyme giới hạn Enzyme giới hạn hay còn được gọi là Endonuclease giới hạn là những
enzyme có khả năng nhận biết một trình tự ADN đặc hiệu và phá vỡ liên kết phosphodiester ngay tại đó.
Cắt sản phẩm PCR gen POU1F1 bằng enzyme giới hạn DdeI.
Bảng 2.2.Thành phần phản ứng cắt gen POU1F1 bằng enzyme DdeI
Thể tích (µ) | |
Enzyme DdeI | 2 |
Buffer Tango 10X | 3 |
Sản phẩm PCR | 20 |
H2O | 5 |
Tổng thể tích | 30 |
Bảng 2.3.Vị trí cắt của enzyme giới hạn
Nguồn gốc | Vị trí cắt | |
POU1F1/DdeI | Vi khuẩn Desulfovibrio desulfuricans | 5’ C ↓ T N A G 3’ 3’ G A N T ↑ C 5’ |
Sản phẩm PCR của cặp mồi sau khi cắt bằng enzyme giới hạn, phân lập độ dài các đoạn ADN bằng cách chạy điện di trên gel agarose 1% - 2,5% với điện thế 110 V trong 60 phút trong hệ đệm TAE. Sau đó nhuộm bằng Ethidium bromide và soi chụp dưới tia UV bằng Máy chụp gel “Gel logic 1500 - Kodak - USD”. Xác định kiểu gen cho từng cá thể dựa vào kết quả điện di.
(5) Phương pháp theo dõi sinh trưởng của dê:
Sau mỗi đợt phân tích, tiến hành chọn 8 dê có kiểu gen D1D1 và 8 dê có kiểu gen D1D2 để nuôi theo dõi về sinh trưởng tích lũy. Đảm bảo giống nhau về tính biệt, điều kiện chăm sóc, nuôi dưỡng của dê mang các kiểu gen trên.
Khối lượng dê được cân tại các thời điểm sơ sinh, 3, 6, 9 và 12 tháng tuổi.
Phương pháp cân và xử lý số liệu như nội dung 1.
(6) Phương pháp phân tích thống kê xác định mối tương quan giữa kiểu gen của gen POU1F1 với tính trạng sinh trưởng
Tần số allele và phân bố kiểu gen được so sánh sử dụng kiểm tra Chi- square. Khi giá trị P<0,05 khác biệt được cho là có ý nghĩa, nếu P<0,01 là có ý nghĩa cao.
Kiểm tra χ2 được sử dụng để phân tích Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). Kết quả phân tích kiểu gen của các cá thể dê Định Hóa được kết nối với dữ liệu về kiểu hình (độ tuổi, khối lượng lúc sơ sinh, 3, 6, 9 và 12 tháng tuổi) và phân tích trên phần mềm thống kê Minitab 17.0.
Tần số allele và Chi-square của Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) được tính toán sử dụng phần mềm GenAIEx version 6. Sự kiên kết giữa kiểu gen của động vật với các đặc tính sinh trưởng được tính toán bằng cách phân tích các dấu hiệu của tất cả các con, sử dụng mô hình tuyến tính chung General Linear Model của phần mềm SAS.
Các công thức 1, 2, 3 sử dụng để phân tích đặc điểm về khối lượng qua các kỳ cân.
Trong đó:
Yijklmn : Giá trị kiểu hình của tính trạng
Gi : Ảnh hưởng của kiểu gen i=1 → 2 (i=1=D1D1, i=2=D1D2)
Bj : Ảnh hưởng của mức thức ăn tinh bổ sung; j = 1 →3 (j=1=0
%, j=2= 15%, j=3= 30%)
Sk : Ảnh hưởng của tính biệt (đực, cái)
T1 : Tác dụng cố định do nhân tố thứ 1 sinh ra (2 mức) Mm : Hiệu ứng cố định do tháng sinh thứ m (5 mức)
b1 : Hệ số hồi quy tuyến tính y trên D Dijklm : Tuổi lập (ngày)
b2 : Hệ số hồi quy tuyến tính y trên AW AWijklm: Khối lượng khi cai sữa (tính theo ngày) b3 : Hệ số hồi quy tuyến tính y trên BW Bwijklm : Khối lượng sơ sinh
b4 : Hệ số hồi quy tuyến tính y trên A Aijklm : Tuổi của động vật (tính theo ngày) Eijklm : Sai số ngẫu nhiên
µ : Giá trị trung bình
2.3.3. Nội dung 3. Nghiên cứu ảnh hưởng của kiểu gen của gen POU1F1 và thức ăn bổ sung đến sinh trưởng của dê Định Hóa
Trên cơ sở phân tích kiểu gen của gen POU1F1 của dê ở nội dung 2, sử dụng dê mang các kiểu gen D1D1 và D1D2 vào nghiên cứu ảnh hưởng của kiểu gen và thức ăn bổ sung đến sinh trưởng của dê.
Thí nghiệm có hai nhân tố, nhân tố kiểu gen của gen POU1F1 bao gồm kiểu gen D1D1 (ký hiệu là D1) và kiểu gen D1D2 (Ký hiệu là D2); nhân tố thức ăn bổ sung có 3 mức (Không bổ sung - 0, bổ sung 15% - 15 và bổ sung 30% - 30 tính theo vật chất khô khẩu phần).
Thí nghiệm có 6 nghiệm thức được bố trí theo phương pháp thiết kế thí nghiệm hai nhân tố chéo nhau. Cụ thể là nghiệm thức D20 (Kiểu gen D1D2 và không bổ sung thức ăn tinh tính theo vật chất khô của khẩu phần), D215 (Kiểu gen D1D2 và bổ sung 15% thức ăn tinh), D230 (Kiểu gen D1D2 và bổ sung 30% thức ăn tinh), D10 (Kiểu gen D1D1, không bổ sung thức ăn tinh), D115 (Kiểu gen D1D1, bổ sung 15% thức ăn tinh), D130 (Kiểu gen D1D1, bổ sung 30% thức ăn tinh). Lượng vật chất khô của thức ăn hàng ngày được tính bằng 3% khối lượng cơ thể. Hàng tháng điều chỉnh lượng vật chất khô của thức ăn cho dê sau khi cân khối lượng dê.
Dê thí nghiệm được phân bổ vào 6 nghiệm thức một cách hoàn toàn ngẫu nhiên, mỗi nghiệm thức có 8 con (4 đực, 4 cái) đảm bảo đồng đều về khối lượng trong cùng kiểu gen, điều kiện chuồng trại, môi trường và phương thức chăm sóc, nuôi dưỡng. Thí nghiệm được nhắc lại 3 lần, thời gian theo dõi từ 3 đến 12 tháng tuổi.
Bảng 2.4. Sơ đồ bố trí thí nghiệm ảnh hưởng của kiểu gen của gen POU1F1
và thức ăn bổ sung đến sinh trưởng của dê Định Hóa
ĐVT | NT1 | NT2 | NT3 | NT4 | NT5 | NT6 | |
Kiểu gen của gen POU1F1 | D1D2 | D1D1 | |||||
Lượng thức ăn tinh bổ sung | % | 0 | 15 | 30 | 0 | 15 | 30 |
Số lượng | con | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 | 8 |
Tính biệt | 4/4 | 4/4 | 4/4 | 4/4 | 4/4 | 4/4 | |
Tuổi thí nghiệm | tháng | 3 - 12 | |||||
KL bắt đầu thí nghiệm | kg/con | 6,48 | 6,53 | 6,55 | 6,68 | 6,71 | 6,69 |
Số lần nhắc lại | 03 | 03 | 03 | 03 | 03 | 03 | |
Ghi chú: NT: Nghiệm thức; KL: Khối lượng
Dê thí nghiệm được nuôi nhốt theo từng ô, mỗi ô có sân chơi để dê vận động. Nuôi tách riêng dê đực và dê cái. Hàng ngày cung cấp thức ăn cho dê hai lần (sáng và chiều). Dê thí nghiệm ở những nghiệm thức bổ sung thức ăn tinh được cho ăn thức ăn tinh trước, thức ăn xanh sau. Thức ăn tinh là hỗn hợp ngô và cám mạch được trộn đều theo tỷ lệ 60 : 40, được làm ẩm bằng cách phun nước và trộn đều cho dê dễ ăn, đưa vào máng và cho dê ăn tự do. Thức ăn tinh nếu thừa được thu gom, phơi khô và cân lại hàng ngày. Nước uống được cung cấp đầy đủ qua vòi uống tự động. Bổ sung thêm khoáng cho dê bằng tảng đá liếm. Các tảng đá liếm được treo tại các ô chuồng nuôi dê trong suốt thời gian thí nghiệm để dê có thể tự liếm khi có nhu cầu.
Thức ăn xanh là cỏ VA06, cỏ được thái nhỏ bằng máy, cho ăn trong máng. Thức ăn xanh không sử dụng hết được thu và cân lại để xác định lượng thức ăn tiêu thụ.
Phương pháp mổ khảo sát: Kết thúc thí nghiệm dê được mổ khảo sát để tính toán năng suất thịt. Số lượng dê khảo sát ở mỗi nghiệm thức là 4 con (2 đực và 2 cái). Chọn những con có khối lượng tương đương khối lượng trung