Sự Tương Đồng Về Phân Đoạn Gen Mã Hóa Ha Và Na Giữa Các Vi Rút Cúm A Có

Bảng 3.8. Mức độ giảm nhạy cảm của vi rút cúm với oseltamivir và các điểm đột biến

Năm

Tên chủng	Giá trị IC50/ Giá trị IC50 ngưỡng	Nhận định kết quả	Đột biến
Vi rút A/H1N1
2008	A/Vietnam/TX285/08	1294	Giảm mạnh độ nhạy cảm của vi rút với thuốc kháng vi rút oseltamivir (trung bình 1448 lần)	H275Y
	A/Vietnam/TB289/08	3933
	A/Vietnam/TX200/08	1104
	A/Vietnam/TX233/08	1097
	A/Vietnam/BT241/08	1643
	A/Vietnam/LS324/08	145
2009	A/Vietnam/32036/09	1705
	A/Vietnam/EL197/09	1407
	A/Vietnam/Q271/09	1126
	A/Vietnam/31808/09	1278
	A/Vietnam/34381/09	1273
	A/Vietnam/N116/09	1370
Vi rút A/H1N1pdm09
2009	A/Vietnam/32043/09	1422	Giảm mạnh độ nhạy cảm của vi rút với thuốc kháng vi rút oseltamivir (trung bình 1242 lần)	H275Y
	A/Vietnam/32060/09	1072
	A/Vietnam/32067/09	2944
	A/Vietnam/33419/09	417
2011	A/Vietnam/36530/11	356
Vi rút A/H5N1
2005	A/Vietnam/HN30408/05	30	Giảm độ nhạy cảm của vi rút với thuốc kháng vi rút oseltamivir	H275Y
2008	A/Vietnam/HN31412/08	6	Có biểu hiện giảm độ nhạy cảm của vi rút với thuốc kháng vi rút oseltamivir	I117V
2008	A/Vietnam/HN31413/08	5		I117V

Có thể bạn quan tâm!

Xem toàn bộ 147 trang tài liệu này.

Căn cứ vào kết quả trên, tỉ lệ giảm độ nhạy hoặc kháng thuốc theo từng phân típ trong khoảng thời gian từ 2001 đến 2012 là 28,5% (12/42) đối với chủng cúm A/H1N1, 3,2% (5/157) chủng vi rút cúm A/H1N1pdm09 và một chủng chủng vi rút A/H5N1giảm nhạy cảm với oseltamivir; phân típ A/H3N2 thể hiện sự nhạy cảm với oseltamivir qua bảng 3.9.

Bảng 3.9. Tỉ lệ kháng oseltamivir của các chủng vi rút cúm A trong nghiên cứu dựa

trên hai phương pháp (ức chế neuraminidase và giải trình tự gen)

Chủng vi rút

Năm	Số chủng kháng oseltamivir/ Tổng số chủng		Tỉ lệ kháng oseltamivir theo năm (%)	Tỉ lệ kháng oseltamivir chung (%)
Năm	Phương pháp NAI	Phương pháp giải trình tự gen	Tỉ lệ kháng oseltamivir theo năm (%)	Tỉ lệ kháng oseltamivir chung (%)
A/H1N1	2001-2007	0/29	0/29	0	28,5 (12/42)
	2008	6/7	6/7	85,7
	2009	6/6	6/6	100
A/H1N1pdm09	2009	4/86	4/86	4,7	3,2 (5/157)
	2010	0/13	0/13	0
	2011	1/58	1/58	1,7
A/H3N2	2003-2012	0/115	0/115	0	0

Phân tích theo từng năm, mỗi phân típ cúm thể hiện sự kháng oseltamivir với các tỉ lệ khác nhau. Chủng cúm A/H1N1 thu thập từ năm 2001 đến 2006 nhạy cảm với thuốc kháng vi rút oseltamivir, tuy nhiên, 12 vi rút thu thập trong hai năm 2008 và 2009 có giá trị IC50 cao và được xác định 100% mang đột biến liên quan đến kháng oseltamivir. Tỉ lệ chủng kháng thuốc của A/H1N1 năm 2008 là 85,7% (6/7 chủng) và 2009 là 100% (6/6 chủng).

Đối với vi rút cúm A/H1N1pdm09 thu thập trong năm 2009 chúng tôi đã xác định được 4 trong tổng số 86 chủng nghiên cứu được nằm trong tiêu chuẩn giảm độ nhạy oseltamivir và chiếm tỉ lệ 4,7% (4/86). Tương tự, kết quả nghiên cứu đã xác định 1 trường hợp vi rút cúm A/H1N1pdm09 lưu hành năm 2011 trong tổng số 58 vi rút thu thập đạt tiêu chuẩn chiếm tỉ lệ 1,7% (1/58).

Đối với vi rút cúm A/H5N1, nghiên cứu này xác định 3 chủng vi rút đảm bảo tiêu chuẩn về kiểu hình và kiểu gen trong giới hạn giảm độ nhạy hoặc kháng oseltamivir. Do số lượng vi rút cúm A/H5N1 hạn chế nên chúng tôi không phân tích tỷ lệ theo năm.

3.6. Sự tương đồng về phân đoạn gen mã hóa HA và NA giữa các vi rút cúm A có biểu hiện giảm độ nhạy osletamir với các vi rút cùng phân típ lưu hành trong giai đoạn nghiên cứu.

Các vi rút được xác định có biểu hiện giảm độ nhạy hoặc kháng oseltamivir trong nghiên cứu này đều xuất hiện các đột biến liên quan tại protein NA. Nhằm tìm hiểu những đột biến này có liên quan đến sự tiến hóa của vi rút cúm A hoặc có thể ảnh hưởng tới sự thay đổi kháng nguyên của các vi rút, chúng tôi tiến hành phân tích các gen liên quan HA và NA, xây dựng cây gia hệ để đánh giá sự tương đồng về mặt di truyền cũng như khả năng tiềm tàng thay đổi đặc tính kháng nguyên.

3.6.1. Sự tương đồng về gen giữa các chủng cúm A/H1N1 giảm độ nhạy cảm oseltmivir với các chủng vi rút cúm A/H1N1 trên thế giới

Cây gia hệ HA của vi rút A/H1N1 được xây bởi phương pháp Maximum Likelihood bằng trình tự các vi rút A/H1N1 trong nghiên cứu , các vi rút đại diện trong khu vực (Trung Quốc, Malaysia, Úc), châu Âu và châu Mỹ và các vi rút dự tuyển văc xin trong giai đoạn nghiên cứu: A/New Caledonia/20/1999, A/Wellington/1/2001, A/Solomon Island/3/2006 và A/Brisbane/59/2007. Hình ảnh cây gia hệ cho thấy phân đoạn gen mã hóa HA của vi rút H1N1 lưu hành tại Việt Nam 2001 – 2009 được chia thành 2 nhóm chính: nhóm 1 và nhóm 2. Các vi rút

trong nhóm 1 lại được phân tách thành các phân nhóm phụ : 1A ,1B và 1C; tương tự, nhóm 2 có các phân nhóm phụ 2A, 2B và 2C. Các vi rút trong nghiên cứu có biểu hiện giảm độ nhạy osletamivir đều nằm trong nhóm 2 và phân bố tại các nhóm phụ 2B (12 vi rút). Nhóm 2 của cây gia hệ được tập hợp bởi các vi rút lưu hành trong các năm 2006 và 2008 và có độ tương đồng cao với vi rút dự tuyển văc xin A/Solomon Island/3/2006. Như vậy, theo phân tích cây gia hệ, các vi rút biểu hiện kháng oseltamivir không tạo các nhóm riêng và tương đồng cao với các vi rút lưu hành trong cùng thời gian (Hình 3.5 và 3.6).

Song song với phân đoạn gen mã hóa HA, cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA cũng có sự phân nhánh rõ rệt từ nhóm 1 bao gồm các vi rút năm 2001; nhóm 2 với các vi rút lưu hành từ 2003-2009 và tạo thành nhóm phụ 2A bởi các vi rút lưu hành năm 2003, nhóm phụ 2C gồm các vi rút lưu hành năm 2006-2009. Trong cây gia hệ của phân đoạn gen mã hóa NA, các chủng kháng oseltamivir tại miền Bắc Việt Nam hai năm 2008 và 2009 được nhóm vào nhóm 2C và không xác định sự khác biệt về di truyền học giữa các vi rút giảm độ nhạy oseltamivir và các vi rút cùng lưu hành trong cùng thời gian tại Việt nam và các nước trong khu vực (Hình 3.7 và 3.8).

Hình 3.5. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm A/H1N1, 2001-2009

Hình 3.6. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm A/H1N1 – nhóm 2, 2001-2009

Hình 3.7. Câygia hệ phân đoạn gen mã hóa NAcác chủng cúm A/H1N1, 2001-2009

Hình 3.8. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA các chủng cúm A/H1N1- nhóm 2, 2001-2009