3.6.2. Sự tương đồng về gen giữa các chủng cúm A/H1N1pdm09 giảm độ nhạy cảm oseltmivir với các chủng cúm A/H1N1pdm09 trên thế giới
Tổng số 119 trình tự toàn bộ độ dài phân đoạn gen mã hóa HA của vi rút A/H1N1pdm09 bao gồm các vi rút đại diện lưu hành tại Việt Nam (65 trình tự) và các nước trong khu vực được đưa vào phần mềm Mega 5 xây dựng cây gia hệ vi rút A/H1N1pdm09 sử dụng phương pháp Maximum Likelihood. Chủng dự tuyển văc xin A/California/07/99 được chọn làm gốc của cây gia hệ. Hình 3.9 cho thấy, các chủng cúm H1N1pdm09 năm 2009 và 2010 tại Việt Nam có độ tương đồng cao với các chủng lưu hành tại Thái Lan và Trung Quốc, không thể hiện sự phân nhánh rõ ràng so với chủng gốc A/California/07/99. Bốn phân đoạn gen mã hóa HA của các vi rút A/H1N1pdm09 giảm độ nhạy cảm oseltamivir năm 2009 tương đồng cao với các chủng lưu hành trong cùng năm. Đối với các vi rút gây dịch năm 2011 và 2013, chúng tôi nhận thấy đã có sự phân tách nhánh thành hai nhánh riêng biệt cho từng năm (2011 và 2013). Vi rút giảm độ nhạy cảm với oseltamivir năm 2011 nằm trong phân nhánh cùng với các vi rút khác lưu hành cùng năm (Hình 3.9).
Phân đoạn gen mã hóa NA của các chủng H1N1pdm09 thể hiện sự tương đồng cao với chủng dự tuyển văc xin A /California/07/99 và các chủng khác lưu hành tại các nước láng giềng Thái Lan, Trung Quốc và các nước trong khu vực Singapore, Đài Loan-Trung Quốc, Úc từ năm 2009-2011. Phân đoạn gen mã hóa NA của các vi rút giảm độ nhạy oseltamivir không có biểu hiện tách nhánh, thể hiện sự tương đồng cao với các chủng cùng thời kỳ.
Như vậy, tuy có biểu hiện giảm độ nhạy cảm với oseltamivir với các mức độ khác nhau, mang đột biến trên protein NA tại vị trí H275Y nhưng năm chủng H1N1pdm09 không thể hiện sự khác biệt trong quá trình tiến hóa của vi rút (Hình 3.10).
Có thể bạn quan tâm!
-
Xác Định Giá Trị Ic50 Ngưỡng Của Các Phân Típ Vi Rút Cúm A -
Sự Tương Tác Của Oseltamivir Với Các Vi Rút Cúm A/h3N2 -
Sự Tương Đồng Về Phân Đoạn Gen Mã Hóa Ha Và Na Giữa Các Vi Rút Cúm A Có Biểu Hiện Giảm Độ Nhạy Osletamir Với Các Vi Rút Cùng Phân Típ Lưu Hành Trong -
Mức Độ Và Tỉ Lệ Các Vi Rút Cúm A Giảm Độ Nhạy Cảm Với Oseltamivir Thông Qua Giá Trị Ức Chế 50% (Ic50) -
Sự Liên Quan Về Mặt Di Truyền Của Các Chủng Vi Rút A Mang Gen Đột Biến Và -
Tính kháng thuốc oseltamivir của virut cúm A lưu hành tại miền Bắc Việt Nam, 2001 – 2012 - 15
Xem toàn bộ 147 trang tài liệu này.
Hình 3.9. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm A/H1N1pdm09, 2009-2012
Hình 3.10. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA các chủng cúm A/H1N1pdm09, 2009-2012
3.6.3. Sự tương đồng về gen giữa các chủng cúm A/H5N1 giảm độ nhạy cảm oseltmivir với các chủng cúm A/H5N1 trên thế giới
ong phân
nhất của
Sử dụng phần mềm MEGA5, phương pháp Maximum Likelihood để xây dựng cây gia hệ HA và NA của vi rút cúm A/H5N1. Trình tự toàn bộ độ dài phân đoạn gen mã hóa HA (1778 nucleotide) của các chủng cúm gia cầm A/H5N1 gây bệnh trên người (25/28 chủng) và động vật tại Việt Nam cùng các chủng H5N1 trên người và gia cầm tại các nước và vùng lãnh thổ khác như Hồng Kông, Thái Lan, Indonesia, Trung Quốc thu thập theo chiều dài thời gian nghiên cứu được đưa vào cây gia hệ. Gốc của cây gia hệ được xác định là vi rút A/Hongkong/156/97, chủng vi rút H5N1 đầu tiên phân lập được trên người [107], cùng với các vi rút trên gia cầm tại Quảng Đông (1996), Sơn Đông (2003) và vi rút gây bệnh trên người tại Hồng Kông năm 1997 tạo thành clade 0 [95]. Hình 3.11 cho thấy từ clade 0, vi rút H5N1 phát triển thành nhiều clade khác nhau, tính đến 2012, có tổng số 10 clade được đề cập đến (0-9). Vi rút H5N1 lưu hành tại miền Bắc Việt Nam (6 chủng) từ năm 2003-2005 tập trung tại calde 1, có sự tương đồng với các chủng H5N1 của Thái Lan, Trung Quốc và Cambodia. Chủng H5N1 giảm độ nhạy cảm với oseltamivir A/Vietnam/HN30408/2005 nằm trong phân nhánh của các vi rút lưu hành năm 2004 và 2005. Các vi rút thu thập được trong những năm tiếp theo thể hiện sự phân tách rõ rệt sang clade 2, vi rút H5N1 tại Việt Nam nằm tr
c vi rút lại ade 2.3.4.3
Việt Nam
nhánh 2.3.4 cùng các chủng vi rút đến từ Trung Quốc với sự xuất hiện sớm chủng A/Vietnam/HN30850/2005. Tuy nhiên, trong phân nhánh này, cá phân tách thành những phân nhánh nhỏ hơn từ 2.3.4.1 đến 2.3.4.3. Cl bao gồm hầu hết các vi rút H5N1 gây bệnh trên người và động vật tại
năm 2007 và 2008, tương đồng với chủng A/chicken/Fujian/1/2007 của Trung Quốc. Hai chủng A/Vietnam/HN31412/2008 và A/Vietnam/HN31413/2008 mang đột biến liên quan đến kháng thuốc tại vị trí I117V trên protein NA và có biểu hiện giảm độ nhạy cảm với oseltamivir cũng nằm trong phân nhánh 2.3.4.3.
Như vậy, với các vi rút H5N1 trên người nhạy cảm hoặc giảm sự nhạy cảm với oseltamivir tại miền Bắc Việt Nam, phân đoạn gen mã hóa HA đều có sự tiến hóa chung với các chủng lưu hành trên gia cầm tại Việt Nam và có sự tương đồng với các chủng H5N1 gây bệnh tại miền Nam Trung Quốc (Hình 3.11-3.13).
Kết quả phân tích cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA của vi rút cúm A/H5N1 cho thấy, phân đoạn gen mã hóa NA được phân tách thành hai nhóm chính. Nhóm thứ nhất là các vi rút H5N1 lưu hành trên chim hoang có phân đoạn gen mã hóa NA đầy đủ. Nhóm thứ hai bao gồm các vi rút H5N1 mang protein NA bị mất 20 axit amin ở phần thân được ghi nhận thích ứng vào gia cầm và gây bệnh cho người [95]. Nhóm thứ hai hình thành bởi các các vi rút mang phân đoạn gen mã hóa HA thuộc clade 1, clade 2.3.4.3 và 2.3.4.2. Không có sự phân tách thành nhiều nhóm phụ như cây HA, tuy nhiên các vi rút thuộc nhóm II cũng hình thành 2 nhóm phụ chính (2A và 2B tương đương clade 1 và clade 2 theo phân đoạn gen mã hóa HA). Vi rút A/Vietnam/HN30408/2005 mang đột biến H275Y biểu hiện giảm độ nhạy với oseltamivir thuộc nhóm 2A. Hai vi rút còn lại đã được xác định mang đột biến I117V trên protein NA (A/Vietnam/HN31412/2008 và A/Vietnam/HN31413/2008) nằm trong nhóm 2B. Kết quả trên cho thấy, phân đoạn gen mã hóa NA của các vi rút mang đột biến liên quan đến giảm độ nhạy hoặc kháng oseltamivir không nằm ngoài nhóm các vi rút lưu hành cùng thời kỳ và có sự tiến hóa tương đương với phân đoạn gen mã hóa HA (Hình 3.14).
Như vậy, các vi rút H5N1 trong nghiên cứu có biểu hiện giảm độ nhạy với oseltamivir mang phân đoạn gen mã hóa HA và NA có cùng độ tiến hóa với các vi rút H5N1 trên người và các vi rút gây bệnh trên gia cầm khác tại miền Bắc Việt Nam.
Hình 3.11. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm
A/H5N1, 2003-2010
Hình 3.12. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm A/H5N1 clade 1, 2003-2004
Hình 3.13. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa HA các chủng cúm
A/H5N1 clade 2.3.4, 2007-2010
Hình 3.14. Cây gia hệ phân đoạn gen mã hóa NA các chủng cúm
A/H5N1, 2003-2010
CHƯƠNG IV - BÀN LUẬN
4.1. Sự lưu hành của các vi rút cúm A trong khoảng thời gian nghiên cứu
1
0,9
0,8
0,7
0,6
0,5
0,4
0,3
0,2
0,1
0
2006
2007
2008
2009
H1N1pdm09 H1N1
2010
H3N2
2011
Cúm B
2012
Nghiên cứu của chúng tôi dựa trên các chương trình giám sát cúm đã thực hiện tại miền Bắc Việt nam từ năm 2001-2005 và chương trình giám sát cúm quốc gia từ 2006-2012. Kết quả giám sát cho thấy vi rút cúm mùa là A/H1N1 và A/H3N2 lưu hành luân phiên nhau trong khoảng thời gian 2001 đến đầu năm 2009 [1, 5]. Từ tháng 5 năm 2009, vi rút A/H1N1pdm09 xuất hiện gây đại dịch toàn cầu và tiếp tục gây dịch trong các năm tiếp theo cùng vi rút cúm A/H3N2 đã biết [38, 77, 98, 108].
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Tháng 1
Tháng 3
Tháng 5
Tháng 7
Tháng 9
Tháng 11
Biểu đồ 4.1. Sự lưu hành vi rút cúm tại Việt Nam 2006 - 2012
Nguồn: Chương trình giám sát cúm Quốc gia, viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương.