Đánh giá tác dụng ức chế enzym her2 của các hợp chất isoflavone trong định hướng điều trị ung thư vú bằng phương pháp docking phân tử

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

ĐINH XUÂN TÔN TÀI

ĐÁNH GIÁ TÁC DỤNG ỨC CHẾ ENZYM HER2 CỦA CÁC HỢP CHẤT ISOFLAVONE TRONG ĐỊNH

HƯỚNG ĐIỀU TRỊ UNG THƯ VÚ BẰNG PHƯƠNG PHÁP DOCKING PHÂN TỬ

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

ĐINH XUÂN TÔN TÀI

ĐÁNH GIÁ TÁC DỤNG ỨC CHẾ ENZYM HER2 CỦA CÁC HỢP CHẤT ISOFLAVONE TRONG ĐỊNH HƯỚNG ĐIỀU TRỊ UNG THƯ VÚ BẰNG PHƯƠNG PHÁP DOCKING PHÂN TỬ

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC (NGÀNH DƯỢC HỌC)

KHÓA: QH.2017.Y

NGƯỜI HƯỚNG DẪN: PGS. TS. Vũ Mạnh Hùng

ThS. Nguyễn Thị Huyền

Lời cảm ơn

Đầu tiên, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc và gửi lời cảm ơn chân thành nhất tới PGS. TS Bùi Thanh Tùng, Trưởng bộ môn Dược lý, Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc Gia Hà nội và PGS. TS Vũ Mạnh Hùng công tác tại Học viện Quân y là những người đã đồng hành, tận tình hướng dẫn và chỉ bảo cho tôi từ những ngày đầu tiên trên con đường học tập và trong suốt thời gian tôi thực hiện khóa luận này.

Tôi xin chân thành cảm ơn cô ThS. Nguyễn Thị Huyền công tác tại Trường Đại Học Y Dược - Đại học Quốc gia Hà Nội cũng đã chỉ bảo và giúp đỡ tận tình từ những ngày đầu khi nhận đề tài.

Cùng với đó, tôi cũng xin gửi lời cảm ơn tới ban lãnh đạo, thầy cô Trường Đại học Y dược, Đại học Quốc gia Hà Nội đã tận tình giúp đỡ và giảng dạy để tôi được học tập, nghiên cứu, rèn luyện tại đây trong suốt 5 năm qua và thực hiện đề tài này.

Cuối cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, những người thân luôn sát cánh, đồng hành, ủng hộ tôi trong quá trình học tập và nghiên cứu hoàn thành khóa luận.

Luận văn của tôi đã được hoàn thành với nhiều cố gắng tuy nhiên do kiến thức, kỹ năng hạn chế nên không thể thiếu những thiếu sót. Tôi rất mong nhận được những ý kiến đóng góp của các thầy cô, những người đi trước để khóa luận của tôi hoàn thiện hơn.

Hà Nội, ngày 30 tháng 5 năm 2022

Sinh viên

Đinh Xuân Tôn Tài

MỤC LỤC

DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT DANH MỤC HÌNH VẼ

DANH MỤC BẢNG

ĐẶT VẤN ĐỀ 1

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN 3

1.1. Tổng quan bệnh ung thư vú 3

1.2. Phân loại ung thư vú 4

1.3. Điều trị ung thư vú 4

1.3.1. Điều trị ung thư vú giai đoạn 0 5

1.3.2. Điều trị ung thư vú giai đoạn I: 5

1.3.3. Điều trị ung thư vú giai đoạn II 5

1.3.4. Điều trị ung thư vú giai đoạn III 6

1.3.5. Điều trị ung thư vú giai đoạn IV 7

1.3.6. Điều trị đích trong ung thư vú 8

1.4. Tổng quan về The Epidermal Growth Factor Receptor 8

1.4.1. Khái niệm The Epidermal Growth Factor Receptor 8

1.4.2. HER2 trong ung thư và các chất ức chế HER2 9

1.5. Tổng quan về isoflavone 10

1.6. Kỹ thuật docking phân tử 11

1.6.1. Đại cương về phương pháp docking phân tử 11

1.6.2. Quy trình Docking 13

1.6.3. Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc 13

CHƯƠNG 2. NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 15

2.1. Nguyên liệu và thiết bị 15

2.1.1. Cấu trúc protein 15

2.1.2. Cấu trúc phối tử 15

2.1.3. Cấu trúc chất chứng 16

2.1.4. Thiết bị và phần mềm 16

2.2. Nội dung nghiên cứu 16

2.3. Phương pháp nghiên cứu 17

2.3.1. Mô phỏng protein docking 17

2.3.2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc 19

2.3.3. Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET) . 20

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 21

3.1. Mô phỏng docking phân tử 21

3.1.1. Redock 03Q 21

3.1.2. Tìm kiếm các chất tiềm năng từ kết quả docking 23

3.2. Sàng lọc các hợp chất giống thuốc 28

3.3. Dự đoán thông số ADMET 30

CHƯƠNG 4. BÀN LUẬN 37

4.1. Kết quả 37

4.1.1 Genistein (ID: 5280961) 37

4.2.1 Biochanin A (ID: 5280373) 38

4.2. Về phương pháp 38

KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 41

TÀI LIỆU THAM KHẢO

DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VIẾT TẮT

HER

Human Epidermal Growth factor receptor	Thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì ở người
ErbB		Họ thụ thể yếu tố tăng trưởng biểu bì
ER	Estrogen receptor	Thụ thể estrogen
PR	Prosgesteron receptor	Thụ thể prosgesteron
TTNT		Thụ thể nội tiết
UTV		Ung thư vú
AKT PI3K PARP CDK	Poly (ADP-ribose) Polymerase Cyclin-dependent kinase	Protein kinase B Phosphoinositide 3-kinase Họ protein liên quan đến sửa chữa DNA, ổn định bộ gen và chết tế bào Họ protein kinase phụ thuộc cyclin
LYS		Lysine
VAL		Valin
ALA		Alanin
GLN		Glutamin
MET		Methionin
LEU		Leucin
PHE		Phenylalanin
ASP		Acid aspartic
ASN		Asparagin
GLU		Glutamate
ADMET	Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, Toxicity	Hấp thu, Phân bố, Chuyển hóa, Thải trừ, Độc tính
MW	Molecular weight	Trọng lượng phân tử

Nhóm cho liên kết hydro
HBA	Hydro bond acceptor	Nhóm nhận liên kết hydro
LD50	Lethal dose 50%	Liều gây chết trung bình